Intermarché affine sa politique avec une nouvelle image. Intermarché cherche à répondre aux attentes des consommateurs et à l’évolution des habitudes de consommation, les points de vente se sont donc adaptés (2000 m²). Ils proposent toujours un large choix à bas prix avec des produits prêts à consommer et des produits frais et diététiques. La nouvelle disposition des linéaires rend l'enseigne immédiatement identifiable. Intermarché affirme plus que jamais son positionnement : des supermarchés à taille humaine, offrant tous les produits d’usage courant et spécialiste du frais.

1999 : Les Mousquetaires fêtent leurs 30 ans. Sous l'égide de la Fondation de France, la Fondation Jean-Pierre et Marie-Thérèse Le Roch - Les Mousquetaires est créée. Elle a pour mission d'encourager les vocations d'entrepreneurs et de soutenir les actions de recherche, d'éducation et d'information, notamment dans les domaines de la nutrition, de l'ergonomie ou de la santé.

2002 : L’enseigne comptabilise plus de 2000 Intermarché en Europe.

2009 : Lancement du « discount utile ». Intermarché fête ses 40 ans. Adoption d’une nouvelle identité visuelle pour Les Mousquetaires et Intermarché.

2010 : Création des enseignes Intermarché Hyper, Intermarché Super, Intermarché Contact et Intermarché Express.